Tujuan pendidikan di MTs Al Mukhlis Panyaungan-Bandung mengacu pada tujuan umum pendidikan dasar nasional dan karakteristik pendidikan madrasah, yaitu:
- Membekali lulusan dengan dasar-dasar keimanan, ketaqwaan, dan akhlak mulia.
- Mempersiapkan siswa agar mampu membaca, menghafal, dan memahami Al-Qur'an dengan kaidah tajwid yang baik.
- Mencapai standar kelulusan akademik yang unggul sehingga mampu bersaing melanjutkan ke jenjang pendidikan lanjutan (MA/SMA/SMK/Pesantren).
- Menumbuhkan rasa percaya diri, kepemimpinan, dan kepedulian sosial pada diri santri/siswa.